De la misma manera se le dan estos derechos a Diego de Almagro al sur del Perú. Es así como queda configurado el primer gobierno español del Perú. No tardaron en darse grandes disputas entre los nuevos gobernantes por el control de la capital imperial. De esta forma se enzarzan en una gran guerra civil que termina con la destitución y muerte de ambos conquistadores y la creación del Virreinato del Perú por parte del Rey español. De esta forma el Perú estuvo gbernado por virreyes durante toda su historia colonial. Estos se sucedieron de 1544 hasta 1821.

 La llegada de los españoles al Perú, con Francisco Pizarro a la Cabeza, tienen su punto álgido con el encuentro entre el Inca Atahualpa y los conquistadores en Cajamarca e el año de 1532. El Inca había sido vencedor de la pugna por el poder ante Huascar, otro de los hijos de Huyna Capac. La captura de Atahualpa por parte de los españoles, el apoyo de los pueblos disidentes del poder incaico y el desmembramiento del poder hacen posible que las tropas del Imperio Español avancen hasta el Cusco donde se asientan. Es en este que tiene lugar la fundación de la ciudad española de Lima, actual capital del Perú.

Son los incas, considerados conquistadores, los que le dan, en menos de un siglo, este gran esplendor al nuevo imperio del antiguo Perú. Pachacute, Tupac Yupanqui y Huyna Capac crearon, en menos de un siglo, todo un imperio que iba desde Colombia en el norte hasta Chile en el sur comprendiendo el territorio actual del Perú sin la selva. Los Incas, herederos de la cultura Wari , desarrollaron una gran red de caminos que comunicaron a los pueblos conquistados con el Cusco. La historia del Perú quedaría para siempre marcada por la etapa comprendida en 1527 cuando Huayna Capac muere sin dejar sucesor. El imperio se haya sumido en una guerra civil por el poder y es en estas circunstancias que llegan los conquistadores españoles al Perú.