De la misma manera se le dan estos derechos a Diego de Almagro al sur del Perú. Es así como queda configurado el primer gobierno español del Perú. No tardaron en darse grandes disputas entre los nuevos gobernantes por el control de la capital imperial. De esta forma se enzarzan en una gran guerra civil que termina con la destitución y muerte de ambos conquistadores y la creación del Virreinato del Perú por parte del Rey español. De esta forma el Perú estuvo gbernado por virreyes durante toda su historia colonial. Estos se sucedieron de 1544 hasta 1821.